Η μονή της Αγίας Ειρήνης βρίσκεται στους πρόποδες του Βρύσινα, πάνω σ'' έναν βράχο, κοντά στον ομώνυμο οι­κισμό, 5 χλμ. νότια του Ρεθύμνου. Συμφωνά με τις πήγες είναι ένα από τα παλαιότερα μοναστήρια της Κρήτης. Η πρώτη γραπτή πηγή, που μαρτυρεί την υπαρξή της, προέρ­χεται από ένα βενετσιάνικο έγγραφο του 1362. Ο περιηγητής F. W. Sieber τη μνημονεύει το 1817 μεταξύ των Κρητικών μοναστη­ριών.
Μετά την επανάσταση του 1821, η Μο­νή οδηγήθηκε σε συρρίκνωση και η αδελ­φότητα της περιορίστηκε σε έναν ή δύο μονάχους. Στα χρόνια που ακολούθησαν η μονή υπέστη μεγάλες καταστροφές.
Όταν επισκέφτηκε τον χώρο της Μονής ο μακαριστός μητροπολίτης Θεόδωρος Τζεδάκης για πρώτη φορά τη βρήκε έρημη, ρημαγμένη και συρρικνωμένη σε όσο χώρο κατελάμβανε ο σωρός των ερειπίων της. Ευαισθητοποιήθηκε και συνέλαβε αμέσως το όραμα της αναστήλωσης της.