Πρόκειται για το καθολικό της Μονής του τάγματος των Φραγκισκανών Μοναχών. Ανήκει στον τύπο της μονόκλιτης ξυλόστεγης βασιλικής με εγκάρσιο κλίτος και δυο πλευρικά παρεκκλήσια. Το ΒΑ είναι στεγασμένο με σταυροθόλιο και το ΝΑ έχει πεσσούς, κιονόκρανα και τόξα δουλεμένα σε μάρμαρο. Το θύρωμά του είναι κορινθιακού ρυθμού και εντυπωσιάζει με την διακόσμησή του. Χαρακτηριστικό είναι το φύλλο άκανθας στο κλειδί (τον ανώτατο λίθο του τοξωτού υπέρθυρου) που είναι μεγάλο και ελίσσεται από τα πάνω προς τα κάτω.  Ο Άγιος Φραγκίσκος, ο μοναδικός άγιος της δυτικής εκκλησίας  που έχαιρε λατρείας και από τους ορθόδοξους κατά την περίοδο της Ενετοκρατίας. Στα χρόνια της Τουρκοκρατίας το καθολικό μετατράπηκε σε «Imaret», δηλαδή πτωχοκομείο. Ο ναός έως το 1996 είχε χρήση χώρου πολιτιστικών εκδηλώσεων. Αναστηλώθηκε πρόσφατα από την 28η ΕΒΑ με σκοπό  την στέγαση της Βυζαντινής και Μεταβυζαντινής Συλλογής του νομού Ρεθύμνης.