Είναι ένα από τα πιο σημαντικά μνημεία του Ρεθύμνου. Η εκκλησία του Αγίου Φραγκίσκου αποτελούσε το κύριο ναό Μονής του τάγματος των Φραγκισκανών. Η αρχιτεκτονική του κτηρίου και η γλυπτή διακόσμηση παρουσιάζουν εξαιρετικό ενδιαφέρον. Εκτός από το ναό σώζονται και δύο ερειπωμένα παρεκκλήσια ακριβώς ανατολικά του. Εντυπωσιακό είναι το θύρωμα της εισόδου με κιονόκρανα σύνθετου ρυθμού. Αυτή την εποχή γίνονται ανασκαφές και έχουν βρεθεί αξιόλογα αρχαιολογικά ευρήματα με σπουδαιότερα τάφους Βενετών ευγενών.