Το Αρχαιολογικό Μουσείο Ρεθύμνου υπάγεται στην ΚΕ΄ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων. Στεγάζεται από το 1991 στο πενταγωνικό κτίριο, το οποίο ορθώνεται μπροστά από την κύρια πύλη της Φορτέτζας. Τα εκθέματα του δίνουν μια διαχρονική εικόνα της πολιτισμικής ιστορίας του νομού από τη νεολιθική εποχή έως τα χρόνια της ρωμαιοκρατίας. Παρουσιάζονται κατά χρονολογικές ενότητες και κατά ανασκαφικά σύνολα.